L'idée qui a fait naître Lyon Zéro n'est pas de réformer le modèle universitaire classique, mais d'offrir un choix entre ce modèle et une université où l'apprentissage puisse se construire sur la mutualisation des capacités de chacun, où la motivation remplace la sanction, où la coopération remplace la sélection, où la diversité remplace la hiérarchie.
A Lyon Zéro ce sont les participants eux-mêmes qui proposent et font vivre les ateliers. Le contenu et la forme de ces derniers pouvant grandement varier d'un thème à un autre, chaque groupe décide de son propre fonctionnement. Jonglage, biologie, méditation, économie... tous les sujets peuvent être abordés selon les envies de chacun.